En 1944, los Hermanos Maristas junto con un grupo de exalumnos crearon 54 Centros de Alfabetización para niños y adultos en respuesta al 41% de analfabetismo que existía en el país.

En 1956, el Patronato evolucionó en su respuesta iniciando grupos escolares para niños sin posibilidades de inscripción en ninguna escuela y se constituyó formalmente como Asociación Civil sin fines de lucro en 1959. Posteriormente, en 1991 inició el apoyo a escuelas de extensión a nivel bachillerato en el Istmo de Tehuantepec (Bachilleratos Comunitarios).

En 1997, cambió la estructura del PNAEE, incluyendo nuevamente la intención fundacional del Patronato, es decir, responder a las necesidades de alfabetización y de rezago educativo.

Finalmente, desde 2003 se impulsó -en conjunto con la Universidad Marista- la creación de la Licenciatura en Educación Media Superior Intercultural y la Maestría en Enseñanza Media Superior y Superior, con el objetivo de ofrecer una oportunidad de educación superior (y mejor empleo) para los egresados de los Bachilleratos Comunitarios y, al mismo tiempo, formar profesores especializados para la realidad cultural de los jóvenes en las comunidades indígenas.